Les grandes villes profitèrent du commerce transalpin. Des alliances entre les grandes villes, comme par exemple celle entre Zurich et Strasbourg, en sont une suite. Avec les marchandises, ce sont surtout les idées nouvelles qui circulent. On discutait des nouvelles théories politiques et religieuses, ce qui va toujours de pair à cette époque.
En même temps que se préparait la guerre des paysans en
Allemagne, il y avait un mouvement comparable en Suisse avec comme centre
Zurich. Mais par rapport à l'Allemagne il y avait quelques différences
significatives. En 1519 Huldrych Zwingli (1484-1531) devient prêtre
à la grande cathédrale de Zurich. Au centre de ses discours
sont ces revendications:
Mais la résistance des cantons conservateurs de la Suisse était très important. La réforme s'étend aux grandes villes, comme Bâle etc. qui forment une alliance. Début 1531, le ravitaillement des villes alliés et bloqué par les cantons conservateurs, puis la guerre éclate. Lors de la bataille de Kappeln, les réformateurs sont battu et Zwingli tombe.
Bien que Henri Bullinger ait continué l'oeuvre de Zwingli, c'étaient quand même les cantons conservateurs qui l'avaient remporté.
Dans un premier temps du moins, parce que quelques années plus tard un réfugié politique arrivait un suisse qui, lui avait plus de succès: Jean Calvin (1509-1564). Calvin, originaire de Noyon, avait été étudiant à la Sorbonne, mais a du quitter la France à cause de son opposition contre l'Eglise traditionnelle. Il s'était exilé d'abord à Bâle, puis lors d'un voyage en 1538, il rencontra à Genève Guillaume Farel, un autre Français, qui l'incita à se fixer à Genève. "Dieu va te maudire si tu places ton propre intérêt au-dessus au lieu de contribuer à l'oeuvre du seigneur". Apparemment Calvin était impressionné par ces paroles puisqu'il s'est installé à Genève. Mais le mouvement réformateur n'était pas encore assez fort et une majorité de patriciens s'opposa à la chasteté prêché par Calvin, qui fut expulsé. Pourtant le grain était planté et au bout de trois ans les réformateurs à Genève avaient une solide majorité et Calvin put revenir, cette fois pour le reste de sa vie. Calvin prêchait une vie simple, l'unité du gouvernement civil et des pouvoirs ecclésiastiques (lire: subordination de l'Eglise) et l'impénétrable destiné tracé par Dieu. Genève fut déclarée ville de Dieu. La particularité de ses revendications réside dans le fait qu'ils étaient parfaitement adaptés aux besoins et intérêts des bourgeois des villes, tandis que les théories réformateurs de Luther servaient les intérêts des princes. Luther allait jusqu'à justifier, voire encourager les massacres des paysans allemands par les princes au cours de la guerre des paysans en 1525. Calvin reconnaît le pouvoir d'un gouvernement terrestre.
Les thèses de Calvin se répandaient rapidement en Europe,
en suivant les routes du commerce on trouve leurs traces en France, ou ils
sont reprises par les Huguenots (Théodore Beza), ainsi qu'au
Pays-Bas ("Confessio Belgica") et en Écosse (John Knox, "Confession of Faith").