Les grandes villes profitèrent du commerce transalpin. Des alliances entre les grandes villes, comme par exemple celle entre Zurich et Strasbourg, en sont une suite. Avec les marchandises, ce sont surtout les idées nouvelles qui circulent. On discutait des nouvelles théories politiques et religieuses, ce qui va toujours de pair à cette époque.
En même temps que se préparait la guerre des paysans en
Allemagne, il y avait un mouvement comparable en Suisse avec comme centre
Zurich. Mais par rapport à l'Allemagne il y avait quelques différences
significatives. En 1519 Huldrych Zwingli (1484-1531) devient prêtre
à la grande cathédrale de Zurich. Au centre de ses discours
sont ces revendications:
Mais la résistance des cantons conservateurs de la Suisse était très important. La réforme s'étend aux grandes villes, comme Bâle etc. qui forment une alliance. Début 1531, le ravitaillement des villes alliés et bloqué par les cantons conservateurs, puis la guerre éclate. Lors de la bataille de Kappeln, les réformateurs sont battu et Zwingli tombe.
Bien que Henri Bullinger ait continué l'oeuvre de Zwingli, c'étaient quand même les cantons conservateurs qui l'avaient remporté.
Dans un premier temps du moins, parce que quelques années plus
tard un réfugié politique arrivait un suisse qui, lui avait
plus de succès: Jean Calvin (1509-1564). Calvin, originaire
de Noyon, avait été étudiant à la Sorbonne,
mais a du quitter la France à cause de son opposition contre l'Eglise
traditionnelle. Il s'était exilé d'abord à Bâle,
puis lors d'un voyage en 1538, il rencontra à Genève Guillaume
Farel, un autre Français, qui l'incita à se fixer à
Genève. "Dieu va te maudire si tu places ton propre intérêt
au-dessus au lieu de contribuer à l'oeuvre du seigneur". Apparemment
Calvin était impressionné par ces paroles puisqu'il s'est
installé à Genève. Mais le mouvement réformateur
n'était pas encore assez fort et une majorité de patriciens
s'opposa à la chasteté prêché par Calvin, qui
fut expulsé. Pourtant le grain était planté et au
bout de trois ans les réformateurs à Genève avaient
une solide majorité et Calvin put revenir, cette fois pour le reste
de sa vie. Calvin prêchait une vie simple, l'unité du gouvernement
civil et des pouvoirs ecclésiastiques (lire: subordination de l'Eglise)
et l'impénétrable destiné tracé par Dieu. Genève
fut déclarée ville de Dieu. La particularité de ses revendications
réside dans le fait qu'ils étaient parfaitement adaptés
aux besoins et intérêts des bourgeois des villes, tandis que
les théories réformateurs de Luther servaient les intérêts
des princes. Luther allait jusqu'à justifier, voire encourager les
massacres des paysans allemands par les princes au cours de la guerre des
paysans en 1525. Calvin reconnaît le pouvoir d'un gouvernement terrestre.
Les thèses de Calvin se répandaient rapidement en Europe,
en suivant les routes du commerce on trouve leurs traces en France, ou ils
sont reprises par les Huguenots (Théodore Beza), ainsi qu'au
Pays-Bas ("Confessio Belgica") et en Écosse (John Knox, "Confession of Faith").